Потому что он проповедует такие вещи, которые просто не работают в реальной жизни и являются, мягко говоря, выдуманными.
Я помню, именно с позиции, ну, не то чтобы профессионала, но человека, который действительно кое-что шарит в лингвистике, начал, простите за слово, ржать ещё с первой главы. Как бы это объяснить...
Вот, например, Фоменко утверждает, что "орда", "рада" и "рать" - это всё однокоренные слова. Что в этом случае делает нормальная наука? Нормальная наука изучает - а есть ли ещё слова в русском языке, где "рд" чередуется с "рад"? А слова, где "да" переходить в "ть"? А в соседних языках какое значение имеет это слово? А если там это значение изменилось, то почему? И по каким правилам?
И уже на первом вопросе становится понятно, что эта теория (сходство этих слов - это нормальная теория сама по себе, в ней ничего крамольного нет) просто ошибочна.
Например, вот у нас есть исчезающая гласная в словах пёс/пса, день/дня, сон/сна,лев/льва... Знаете, откуда они взялись? От факта, что раньше в этих местах писали ѣ и ь: пѣсъ, лѣвъ, сън, дьнъ. Позже эти звуки (е-краткое и о-краткое) исчезли из языка, но их наследие до сих пор осталось даже в современной речи.
Почему исчезла "а" в слове "рада"? Да ни почему, автору так захотелось и всё.
Давайте посмотрим на соседние языки. Это вообще мой любимый пример, потому что только на его основании, вообще не зная историю, можно судить о том, как далеко зашло татаро-монгольское войско. Дело в том, что в Азии слово "орда" обозначает "дворец" - его можно встретить во множестве языков, помимо монгольского, например, в казахском. По мере продвижения на запад в местных языках возникает два других значения - "ставка, лагерь" и "войско". А ещё дальше на запад, значение слова "дворец" исчезает, остаётся только "войско". То есть, просто проанализировав слово во всех языках, можно точно сказать - что вот какой-то правитель, который жил в "орде" (дворце) пошёл войной на запад, дошёл примерно до Украины плюс-минус лапоть (где фраза "орда вон там" имеет двойное значение), но дальше не пошёл - в какой-нибудь Польше о том, что слово "орда" может означать место пребывания правителя и слыхом не слыхивали.
И при этом во всей плеяде языков, где есть слово "орда", не появляется какое-то другое значение. То есть, орда везде орда - да, адаптированная под местный язык, но всегда одна и та же. Если бы слово "рада" в русском изменилось на "орда" - то в каком-нибудь другом языке оно бы сохранилось, и была бы у нас сейчас, например, "орда Болгарии" в смысле "парламент Болгарии".
И при этом вот эту всю историю невозможно было подделать. По той простой причине, что лингвистика о таких взаимосвязях разных языков дошла только в двадцатом веке - раньше о таком просто никто не догадывался, соответственно, не мог и подделать какие-то документы (не говоря уже о том, что мы смотрим на живой язык - его не подделать).
Все остальные доводы Фоменко примерно такого же качества. "Самара" содержит "м-р", но арабы читали её справа налево и записал "м-р" как "Рим" - ну да, ну да. Мы не называет страну Египет Тепиге, не называем Израиль Лиарзе, хотя письменность у нас направлена в разные стороны - но вот почему-то в этом случае вдруг стали читать задом наперёд.
В общем, теория Фоменко простительна для новичка-любителя, который увлёкся историей и пытается подогнать факты под какие-то свои мысли, простительна для времён Ломоносова, но для современного человека, претендующего на знание лингвистики, истории, археологии и других подобных наук, которые все вместе создают картину окружающего мира, она просто не достойна серьёзного обсуждения.