Ответ, можно сказать, заложен в вопросе: потому что историческая деятельность Фоменко (его заслуги как математика-то несомненны — и высоко оценены что на государственном уровне в РФ, что за рубежом, причём ещё в советское время) совершенно антинаучна. Всё концепции Фоменко строятся на:
- Дилетантских рассуждениях — типа "костяка согласных" и чтения слов наоборот, от чего любой лингвист хватается за голову (тот же Зализняк разбирал подробно). Собственно говоря, сама изначальная идея Фоменко и его предшественников (да, это далеко не он придумал — в среде математиков "Новая хронология" развивалась, когда Фоменко ещё студентом был) построена на идее, что представители одной научной дисциплины лучше профильных разберутся в другой, так что дилетантизм тут неизбежен и даже, кхым, органичен.
- Манипуляциях — типа его излюбленного приёма "введём предположение, на следующей странице станем использовать его как доказанный факт и от него строить новые предположения". Причём учитывая, что Фоменко не может не понимать научный метод, будучи выдающимся учёным в другой области — это, конечно же, манипуляции сознательные.
- Откровенном подлоге фактов — чего стоит один знаменитый "династический параллелизм" (ради оправдания которого, когда у людей уже появился интернет и возможность проверить сию ересь, Фоменко начал активно разделять правителей на несколько лиц или разных в одно объединять). И подобными вещами книги Фоменко полны, это просто один из примеров — крайне вопиющий.
- Конспирологических теориях, вставляемых везде, где без такой "заплатки" течь образуется. Всё, что опровергает учение Фоменко — кем-то переписано, подделано, доказательства укрыты...
Научным методом исследования в книгах Фоменко и не пахнет — зато он умело манипулирует читателями, имеющими слабое представление об исторической науке. Впрочем, оно и у самого Фоменко явно крайне слабое: это даже не Понасенков, который всё-таки отучился на истфаке МГУ (пусть не защитил диплом) и хоть что-то в вопросе соображает.
Естественно, историческая наука подобные работы и не может признать как-либо, кроме признания их бредом. Что уж там, против Фоменко выступали даже Гумилёв и Рыбаков, сами известные (помимо настоящей научной деятельности) "фолк-историческими" работами.
В защиту Фоменко сказать могу лишь одно: если внимательно изучить его биографию — становится ясно. что он едва ли ведёт свою "работу" ради денег или хайпа. Занялся всем этим во времена, когда лженаучная деятельность не сулила ни того, ни другого. По каким-то причинам он с молодости, ещё до становления светилом (без сарказма) математики, во всё это искренне поверил. И до сих пор, спустя больше полувека, продолжает...