Существует два вида мотиваций - внутренняя и внешняя.
Внешняя - тут все понятно: это кнут (наказания за плохой труд) и пряник (поощрения за труд хороший). Оба фактора хорошо действуют только вместе - есть и кнут, но есть и пряник. Должны применяться, исходя из принципов обязательности, единства для всех, справедливости и т. д.
Внутренняя мотивация самая действенная, но и сейчас очень редкая. Это когда человеку нравится делать то, чем он занимается, он от работы получает удовольствие. Сейчас это звучит сказочно, но такое иногда встречается. Такой человек готов работать не за страх, а за совесть, задерживаться на работе и т. д. Пример - роман братьев Стругацких "Понедельник начинается в субботу".
На практике под каждую организацию с учетом ее специфики разрабатывается своя уникальная система мотивации. На эту тему написано большое количество книг. Но, как я заметил, большая ошибка разработчиков системы мотивации сотрудников - игнорирование комплексного подхода. Т. е. берут что-то одно, забывая про другое. Например, часто игнорируется пряник, зато кнутом махают каждый день. Часто игнорируется социалка, которую некоторые сотрудники ценят больше зарплаты. Также повсеместно считается, что человек может хорошо работать только за деньги, забывая про внутреннюю мотивацию.
В целом, это серьезная и сложная работа, требующая учета многих факторов и, самое главное, четкое, понятное работникам и справедливое исполнение разработанной системы.