Как вы считаете, затуманивают ли естественные языки с помощью идиом и метафор наше научное познание?

Во-первых, стоит уточнить, что вы подразумеваете под "научным познанием" и "метафорой"; во-вторых, объяснить, каким образом идиомы, сопутствующие преимущественно живой разговорной речи относится к номенклатурному стилю, распространенному в ученых кругах, в которых принято описывать что-либо таким образом, чтобы собеседнику было понятно, особенно в условиях глобализации научных и технологичных достижений.

Исходя из моего личного понимания терминов, скажу, что:

Метафора - позволяет провести аналогии между схожими процессами, что не только не затуманивает познание, но, наоборот, призвана прояснять указанное прежде.

Идиома же к научному познанию не имеет отношения, это часть спекулятивных рассуждений, принимаемых на веру без какой-либо проверки, что противоречит цели общения научного сообщества.

Вывод: нет, не затуманивает. Использование идиом дело сугубо личное говорящего. Учить их не имеет смысла, т.к. они, как и прочие слова/фразы-паразиты сами войдут в речь с практикой бесед с носителями языка, коих в процентном соотношении меньше говорящих на языке (если говорить об английском языке; относительно других языков тенденции нужно смотреть отдельно), тем более, что они разняться от региона к региону, и мало кто за пределами этих ареалов поймет кельто-шотландские идиомы или уличный сленг старого лондонского сохо, такого же рифмованного как русская блатная феня. Если это не цель научного познания в филологическом смысле, это никоем образом не влияет на самое научное познание.