Атеизм и научный метод не совершенно идентичны и даже не напрямую связаны, хотя и очень близки. Если бы научным методом было показано существования высших сил, то научный метод остался бы, а с атеизмом были бы проблемы.
Тут, конечно, ещё вопрос веры, которую отвергает и атеизм и научный метод. Но в Творца можно не верить и при этом обнаружить в научных исследованиях. Если Он существует.
Тут ещё вопрос семантики. Что означает слово "вера".