Не очень понятно, зачем научному методу атеизм, если честно.
1) Верующий учёный может спокойно ставить научный эксперимент, будучи уверенным в том, что его результаты прояснят суть божественных законов. Если после этого он качественно обработает полученную информацию, он придёт к тем же самым выводам, что и его коллега-атеист и продвинет науку ничуть не хуже и не лучше.
2) Если бы существование богов было бы убедительно продемонстрировано, их изучение шло бы научным методом, и атеистов среди учёных бы осталось столько же, сколько среди них же сейчас, например, креационистов. Пока исследование богов, очевидно, не является научным вопросом, но, строго говоря, это может измениться в любой момент.
3) Если зависимость и есть, то она скорее обратная. Если применять научный метод к вопросу существования бога (хотя далеко не все согласятся с осмысленностью этого действия), то прийти к теизму получится вряд ли. Совсем невозможно таким путём будет прийти к какой-то конкретной религии.