Основных причин, считаю, шесть.
Итак.
- В ходе Ливонской войны Московской Руси пришлось сражаться против нескольких противников разом. Против Литвы (с 1569 г -против Всей Речи Посполитой), против Крымского ханства, терзавшего ежегодными набегами Русь, и против Швеции.
Их совокупный военно-экономический потенциал намного превосходил возможности Руси второй половины XVI века.
- Ориентализация вооружения и способа ведения боевых действий, происходившие в России чуть ранее, сыграли с нашими злую шутку.
Вполне пригодная для междоусобных битв и сражений с татарами и даже с турками, эта военно-техническая политика не оправдала себя в битвах "в чистом поле" против европейски обученных и снаряженных армий. Если только у русских не было подавляющего численного превосходства.
- Наличие мощной "пятой колонны" в стране.Опричнина ведь родилась не на пустом месте.
- Хозяйственный кризис, связанный с похолоданием климата. В северных районах перестали вызревать зерновые. (Пик похолодания пришелся уже на время Бориса Годунова - 1601-1603 гг). Кроме того, бесконечные войны (считая от первого Казанского похода) разорили и крестьян и помещиков-дворян. Снарядить качественную поместную рать было уже просто не на что.
Отдельный, но весомый вклад в хозяйственный кризис внесли действия опричников. Погром Новгорода, Твери, владений бояр-крамольников (напр. владений боярина Ивана Федорова) никак не способствовали экономическому процветанию.
- Неумение и нежелание царя Ивана Васильевича и его окружения удовлетвориться скромным, но пристойным результатом. Иначе говоря, заключить мир, мерив свои аппетиты.
- Отсутствие крепкого тыла в Поволжье. (Казань и Астрахань ведь только-только присоединили).
Вот, примерно, так....