Разница в отношении к аборигенам.
Англичане просто не считали их за полноценных людей и не стремились как-то контактировать, цивилизовать и обратить в свою веру.
Испанцы за людей считали, но от этого местным обитателям не становилось сильно легче - их массово крестили, после чего они попадали под юрисдикцию инквизиции. В общем, пока они не поняли, чего от них хотят, число коренных жителей уменьшилось на порядок.
Потом правда стало проще, чем северным соседям.
Да, важно: такое различие в отношении определялась различием католической и протестантской морали.
Ну так-то там были конфликты с аборигенами и приличные. Просто масштаб мелкий.