Разница именно в завоевателях.
Южную Америку завоёвывали "по-феодальному" (прошу прощения за неловкий термин): это было централизованное (санкционированное или - как минимум - используемое королями) завоевание, когда главная цель - увеличить количество подданных. Недаром всякие "естественные эксцессы" (попросту - резня завоёвываемых) осуждалась королями (нефиг подданных зря переводить), и принимались меры по их "освоению": крещение (важно в те времена для превращения в "своих"), и - естественное же - смешение аборигенов с завоевателями. Тоже естественно: какая между теми и другими разница, если и те, и другие - крещёные, и под одной властью?
Северная Америка (точнее - территория будущих США) завоёвывалась "спонтанно": туда переселялись (преимущественно из Британии) люди в поисках земли. Причём люди, к тому же, в массе своей сектанты, отождествлявшие себя с "избранным народом" Ветхого Завета. Отсюда - и поведение по соответствующим рецептам (коих - весьма неаппетитных - полно в соответствующих книгах). Замечу, что французское овладение Канадой проходило, скорее, по "южно-американской" схеме. А британский монарх Георг Третий вообще считал ненужным расширение британских территорий в Северной Америке, установил границу, и предписал договорные отношения с "заграничными" индейцами (отчего, когда началась американская Война за независимость, индейцы активно поддерживали коронные войска - что в итоге им, как мы знаем, боком вышло, породив устойчивое отношение американцев к индейцам: "больше сдохнет - нам спокойней").
Ну так-то там были конфликты с аборигенами и приличные. Просто масштаб мелкий.