Опять отвечу на примере нашей компании. Для нас сотрудники - это основной ресурс, мы считаем, что люди - это то, что важно в первую очередь, команда - двигатель компании. И это не пустые лозунги.
На протяжении долгих лет в коллективе сложились партнерские отношения, где люди помогают друг другу и поддерживают, неважно, в удалении они находятся или в офисе. То есть вопрос мотивации важно начинать с построения благоприятных отношений сотрудников друг с другом и с руководством компании.
Нам помогали периодические созвоны, нечто наподобие планерок, когда все обсуждают, как настроение, состояние, здоровье, а потом слушают лекцию какого-то партнера или обсуждают проект, к примеру.
Если сотрудник мотивирован в офисе, он будет мотивирован и дома, это важно понимать. Самодисциплина никуда не исчезает, если она присутствует изначально. А если наоборот, человек работает даже в офисе "из-под палки", то боюсь, что замотивировать его в удалении вряд ли выйдет.
Также важно понимать, какого склада характера, или даже правильнее сказать, психотипа, тот или иной сотрудник. Кто-то будет эффективнее работать из дома, а кому-то обязательно быть "на короткой ноге" с командой, пить вместе кофе и мотивироваться присутствием в офисе.
Отчеты о проделанной работе тоже хороший рабочий инструмент, только если это все не слишком давит. То есть, возможно, требовать их не каждый день, а условно, раз в неделю, или два, в начале и в конце - план дел и насколько он был выполнен. Это полезно и вам, как "контроллеру", и сотруднику для самоорганизации также.
В общем, все идет от уважения к персоналу, и должно проходить с уважением. Тогда сотрудник будет чувствовать, что он не брошен, что он важен и ценен для компании.