Реально ли построить учебный процесс в школе с учетом мнения самих учеников?

Да, реально. Существует технология КТД (коллективная творческая деятельность), И.П. Иванова, эта технология распространяется на любой вид внеурочной учебной деятельности. Этапность действий воспитателей и воспитанников четко прописана, по всем параметрам.
В частной школе, в которой я работала, все развивающие сессии имели обязательную часть совместных детско-взрослых дел.
Правильно поставленная КТД научает ребят партнерским отношениям в коллективе, обращению за экспертизой, командной работе, ответственности за взятое дело или поручение. Взрослые научаются делегировать полномочия, видеть учебное во внеурочной работе, воспитывать через отношение к действиям. Большая организационная работа, но очень важная для развития коммуникации, культуры общения, делового подхода и практического закрепления того, что в теории на уроке было для ребенка далеко и непонятно.