Вакуум - это состояние вещества, менее плотное чем у поверхности Земли, но не это не подразумевает полного отсутствия вещества. Газы имеют свойство испарятся или убегать из атмосферы планет и звезд. Так же не все первоначальное вещество было собрано в планеты, звезды и галактики. Свою долю вносит солнечный (звездный. галактический) ветер. Плюс, как справедливо заметили предыдущие отвечающие, взрывы звезд, в конце их жизни, так же пополняют "свободное" вещество в космосе. Добавим сюда джеты, фотоны, различные виды излучений (альфа, бетта), квантовые эффекты - при которых пары частиц рождаются в любой точке пространства. Вот вам и непустой вакуум.
При этом в 1 кубическом метре пространства между галактиками может не быть ни одного атома - как же назвать столь пустое пространство?