Дело в том, что первые 1000 лет христианство было дико прогрессивным явлением, толкавшим вперед европейскую культуру. В том числе, Церковь и новообращенные христианские короли боролись с пережитками язычества: верой в колдовство, ведьм, сверхъестественные силы и т.д. Так называемые варварские правды - первые своды законов готских, англо-саксонских и других племен - покажутся современному человеку удивительно рациональными. И там, где действовали варварские правды, например, в германских государствах или в Англии, инквизиция особой власти не имела.
Первые поползновения в сторону инквизиции начались в конце 11 века при Фридрихе Барбароссе, а законодательно особый церковный суд оформился только в 1215 году. При этом, размах инквизиция набрала только через два с половиной века - легендарный Торквемада занял место главного инквизитора только в 1483 году.
То есть, инквизиция в том виде, в котором ее принято воспринимать, - это явление свойственное скорее Новому Времени, чем Средним Векам.
"Для систематического зверства нужна развитая система институтов". В раннем средневековье еще не было "машины", которая могла бы свирепствовать. Поэтому пик преследования врагов церкви пришелся на более просвещенные эпохи.
Что-то протестанты прекрасно без "машины" обходились в аналогичном масштабе "зверств".