А все просто: в раннем средневековье церковь не выступала, как институт власти. Напомню, первый собор, когда более менее определились с содержанием Библии, произошел в 5 веке. То есть, уже в средневековье. А ведь в то время только-только Римская империя разделилась на 2 части. Ну и конечно, о какой власти можно было говорить, если последователей христианства, как культа, было не подавляющее большинство, и их ещё могли самих объявить сектой?
"Для систематического зверства нужна развитая система институтов". В раннем средневековье еще не было "машины", которая могла бы свирепствовать. Поэтому пик преследования врагов церкви пришелся на более просвещенные эпохи.
Что-то протестанты прекрасно без "машины" обходились в аналогичном масштабе "зверств".