Потому что в Европе Раннего Средневековья творилось чёрти что. Тотальный упадок культуры. Полнейшая безграмотность. Деградация нравов. И это относится не только к светскому обществу, но и к церковному. Папа римский - подросток, убийство папы молотком, папы-развратники, сражения борющихся за власть группировок - всё это происходит в раннесредневековом Риме. Легенда о папессе Иоанне тоже ведь не на пустом месте появилась. Среди церковников вообще, добродетельное поведение - скорее исключение чем правило, на таких людей смотрят как на святых. До инквизиции ли тогда было западноевропейской церкви, если она не могла навести порядок в своих рядах и служить примером для других?
"Для систематического зверства нужна развитая система институтов". В раннем средневековье еще не было "машины", которая могла бы свирепствовать. Поэтому пик преследования врагов церкви пришелся на более просвещенные эпохи.
Что-то протестанты прекрасно без "машины" обходились в аналогичном масштабе "зверств".