Исчерпывающий ответ историка предполагал бы сопоставление целого ряда моментов социального-экономического и политического характера, которые делали невозможным существования в раннесредневековой Европе 4-11 вв. подобного централизованного экспертного органа Римско-католической церкви с широкими судебно-карательными полномочиями. Понятно, что в условиях только еще становящейся государственной религии, продолжающейся несколько веков христианизации и восстановления самой Римской империи на новых феодальных началах, говорить можно было разве что о зарождении регулирующих веру законов, спорадических гонениях на язычников, иноверцев и еретиков.
Хотя христанская церковь с самого своего возникновения активно боралась с ересями и преследовала иноверцев, опираясь на поддержку светских властей, к 13 веку изменился сам механизм подобных преследований, связанный с ростом церковной власти и авторитета папского престола, но помимо чисто институциональных аспектов -- с качественным изменением самого христанства и народной религиозности, только опосредованных экономическими отношениями и социально-политическими обстоятельствами.
С философской и отчасти религиоведческой точки зрения решающим для ответа на этот вопрос является иной характер веры и религиозных представлений европейцев раннесредневекового времени в сравнении с более поздними эпохами. Проникновение христианского вероучения в поры социальной жизни европейских народов сопровождалось конфликтами с уже бытовавшими в ней дохристанскими религиозными практиками и представлениями. Собственно ереси были лишь верхушкой айсберга многообразных столкновений и взаимопроникновений жизненных укладов европейских народов с кажущимися им трансцендентными христианскими идеями в ранние средние века. В результате, как это в частности описывал Арон Гуревич (Средневековый мир: Культура безмолствующего большинства), первоначально имело место нечто вроде неустойчивой взаимной адаптации – замещения ряда языческих представлений христианскими, при сохранении их чисто бытового или сельскохозяйственного смысла, поддерживаемого магическими ритуалами. Однако и обратно, изначально христианские идеи и положения не могли не трансформироваться, в этом смысле обмирщаясь и обрастая ересями. Постепенно отмеченные противоречия приобретали формы классовой и гендерной конкуренции. Именно для борьбы с конкурентами, а заодно и с остатками народной религии и магии в условиях становления нового европейского порядка, католики на протяжении XII-XIII вв., сформулировали антиеретические законы, создали целую систему выявления религиозных преступлений и учредили печально известный “отдел расследований еретической греховности” - Святую инквизицию.
Но борьба с ересями в поздние Средние века и начало Нового времени постепенно обрела иной смысл – не теологического спора или заботы о спасении индивидуальной и народной души, как в первые века христианства, а политического инструмента для установления феодальных отношений во внутренней и тотального господства европейской цивилизации во внешней политике, только прикрывавшихся религиозными разногласиями. Дальнейшая секуляризация, определяемая не столько потерей или профанацией веры в Бога, сколько ее интенсификацией – приноровлением чисто метафизических идей и трансцендентных сущностей к потребностям уже вполне мирской политической жизни, сопровождаемым радикальным изменением отношения ко времени и пространству (прежде вечному и трансцендентному), природе и истории (посю- и потусторонней), сделала возможной такие уродливые явления христианской истории как крестовые походы или преследования ведьм. И этому не только не противоречило, а временами, наоборот, усиливало развитие в те же годы светской культуры и науки – при сохранении архаичной социальной модели, ориентированной на собственное выживание и господство, они лишь предоставляли более совершенные инструменты для выявления и уничтожения врагов.
"Для систематического зверства нужна развитая система институтов". В раннем средневековье еще не было "машины", которая могла бы свирепствовать. Поэтому пик преследования врагов церкви пришелся на более просвещенные эпохи.
Что-то протестанты прекрасно без "машины" обходились в аналогичном масштабе "зверств".