Нет статьи закона, по которой бы запрещали регистрировать куплю-продажу квартиры с неузаконенной перепланировкой, даже если в техническом паспорте будет стоять запись об этом. Но в любом случае покупатель берет на себя риск, так как в будущем могут потребовать все узаконить. На практике будет штраф 2 - 2.5 тысяч рублей - ст. 7.21 КоАП РФ. Если перепланировка "легкая" (например, снесли НЕнесущую стену или разобрали встроеный шкаф), то обычно только штрафом и отделаетесь. А если перепланировка "сложная" (например, сделали проем в несущей стене) или вообще неоформляемая (запрещено объединять балкон с комнатами, кухней или выносить радиатор), то уже потребуют вернуть все назад.
А так многие покупают квартиру с незаконной перепланировкой, если цена ниже рынка. Тут нужно заранее все прикинуть, стоит ли связываться с такой квартирой. Например, если оформление перепланировки обойдется в 30 тыс, а цена за квартиру ниже рыночной на 150 тыс. руб, то почему бы и нет. Некоторые банки, даже зная о наличии неузаконенной перепланировки, все равно дают ипотеку для покупки такой квартиры.