Смотря какой уровень оценки требуется, какой отчет готовите. На любительском уровне надо смотреть на общее восприятие сайта, то есть насколько вам приятно быть на сайте. Далее - удобство. Как быстро смогли найти товар, услугу или ответ. В совокупности этого можно сделать оценочное суждение о юзабилити сайта.
Оценку проводят по нескольким компонентам: Навигация, Функционал, Кроссбраузерность, Дизайн, Контент. Нужно оценить каждый в отдельности и все в совокупности.