Являются ли некоторые суждения атеистов лженаучными?

Отвечу частично, по поводу сжигания. 

Вынося за скобки сжигание еретиков, криптоиудеев, ведьм  (тут отличились все конфессии) - церковь сожгла Джордано Бруно. За то, что тот был пантеист и не считал ни Землю, ни Солнце центром вселенной, а утверждал, что у Вселенной вообще нет центра. До сожжения он, кстати, просидел 3 года в карцере. Бруно не был учёным, но он популяризировал науку, в частности систему Коперника. Коперниковскую De Revolutionibus, кстати, исключили из списка запрещённых книг только в начале XIX века.

С другой стороны, в XVII веке важными двигателями науки были те самые иезуиты. К примеру, как теперь известно, первый систематический эксперимент, да и, по сути, первая попытка установления научного факта, были предприняты молодым иезуитом Леонардо Гарцони. Он - как не смешно это сейчас прозвучит - доказывал, что компас не размагничивается, оказавшись рядом с чесноком, и не намагничивается снова, будучи полит ягнячей кровью. И пришёл к выводу, что всё это чепуха. Для времён, когда даже самые образованные умы верили, что настойка из мха с черепа непохороненного покойника лечит раны, если нанести её на нанесшее рану оружие - очень и очень круто. Да и во времена, когда гомеопатия считается наукой - тоже. Наконец, Ватикан в настоящее время признаёт все достижения науки, и сам финансирует научные программы. 

Так что не всё так однозначно. Что с церковью, что с атеистами, которые далеко не все настолько примитивны, чтобы использовать приведённые в вопросе фразы в качестве достойного аргумента.