Почему никотин помогает уменьшить количество плохих мыслей?

Дело не в никотине, а в смене доминанты. Вы переключаетесь на какую-то деятельность, вашем случае - курение, начинаете концентрироваться на ней. Мозг не может концентрироваться сразу на мыслях и деятельности, поэтому мысли естественным образом отходят на второй план. 

У никотина действительно есть седативный эффект, но проблема в том, что от него формируется зависимость. Чем больше вы курите, тем больше у вас потребность в никотине и тем эмоциональнее вы становитесь, когда вам его не хватает. То есть вы становитесь еще более тревожнее, когда никотина нет и плохих мыслей становится больше. Никотин лишь на короткое время снижает их. Но если мы посмотрим на картину в целом, в долгосрочной перспективе ваших мыслей будет становится все больше и вам все больше понадобится никотина, чтобы их глушить. 

Нужно решать проблему, а не избегать ее с помощью курения.