Никакого физического смысла в этом нет. Это вопрос математического удобства.
Будет очень неудобно, если каждый человек будет нулевую точку выбирать по своему. Тогда всем людям придется переводить чужие формулы в свои.
Например, вы решили сделать нулевой точкой радиус Земли, так как вам кажется очень удобным, что тела поднятые над поверхностью Земли имеют положительную потенциальную энергию. А кто-то другой изучает, как летают искусственные спутники вокруг Марса и ему удобнее нулевым отсчетом сделать не радиус Земли, а радиус Марса.
Вот вы и будете переписывать все его "марсианские" формулы в ваши "земные", чтобы лучше понять их и сравнить полеты вокруг Земли с полетами вокруг Марса.
Поэтому договорились для всех нулевым отсчетом сделать бесконечный радиус.