Дело не в том, что она "отрицательна", а в том, как она ведёт себя при изменении расстояния до источника поля. Действительно удобно, чтобы на бесконечности энергия была равна нулю. Но это произвольный выбор.
Так как тело под действием гравитации ускоряется (то есть растёт его кинетическая энергия) и приближается к его источнику, то для выполнения закона сохранения энергии удобно ввести потенциальную энергию, которая с приближением к массивному телу будет падать. То есть разница между энергиями в более близкой и более далёкой точке будет отрицательна.
Если поле не притягивает, а отталкивает (например для двух одинаковых по знаку электрических зарядов), то потенциальная энергия будет падать с удалением от источника поля. То есть разница между энергиями в более близкой и более далёкой точке будет положительна.