Дело в том что энергия относительна. Относительна в смысле произвольности точки отсчёта. К приведенному вами интегралу следует добавить +Const.
Дальше дело технического удобства положить ноль именно в точке отсутствия потенциальных энергий…. То есть на бесконечности от всех тел. Там положен ноль энергии.
Это очень удобно. Получилась общая энергия ниже ноля, значит система не развалится.