Если Бога нет, то кто объяснит, почему по сути философия и моральные заповеди христианства, буддизма и ислама практически идентичны?

Во-первых, в вопросе не указано, что автор имеет в виду под словом "философия". Есть понятие философии как особой формы познания, а есть философия как система знаний о бытии (реальности). И философии (как системы знаний) могут быть разными (философия Канта, философия Ницше и т.д.). В чьей-то философии может уделяться немного внимания всяким моральным заповедям, где-то моральные заповеди могут различаться.

То есть какой-то одной единой философии нет, вопрос не совсем корректный.

Во-вторых, что значит практически идентичны?Нет различий? Есть, и достаточно. Нет различий в основных положениях? Смотря что считать основными, думаю, даже если взять самые главные идеи, то отличий и там найдется.

Христианство, ислам и буддизм – это религии, у которых есть разные конфессии, течения, школы и т.п. То есть, даже в пределах одной религии заповеди могут различаться. Например, в основном, в протестантских церквях соблюдается заповедь "не называй никого отцом, ведь есть только один отец – Бог", а в православии все спокойно обращаются "Отец Андрей/другое имя" или "батюшка".

Между исламом и христианством разница посильнее. В Библии (главной книге христианства) есть заповеди любить врагов, благословлять проклинающих, подставлять вторую щеку, если ударили по первой.

В Коране есть  призывы сражаться и убивать (даже если призывы относятся к военному времени, разница с христианством остаётся).

В третьих, религии если и не "пересекались в эпоху возникновения" как написано в вопросе, но оказывали сильное влияние уж точно.

Устная традиция существовала, по торговым путям передавалась и информация. В период возникновения и распространения ислама,  история Иисуса из Назарета была на слуху и как раз успела распространится на довольно большую территорию (не только устно, но и в форме рукописных текстов. Основатель ислама, Мухаммед, мог спокойно услышать и запомнить, как положения, так и заповеди христианства (и иудаизма в том числе).

Так что, даже при взаимовлиянии, у религий есть различия в моральных заповедях, причем существенные. Бога и его откровение это не доказывает. Можно даже наоборот, объяснить это человеческим фактором – если заповеди исходят от людей, то, раз люди похожи, и заповеди будут в чем-то повторяться (а в чём-то различаться).

Заповеди, которые сильно мешают выживанию общества, не приживутся (т.к. общество либо выродится, либо изменятся заповеди в нем).

И так как общества состоят из людей, а люди (опять же) похожи, то сильно удивительного в идентичности некоторых моральных заповедей нет.