Можно ли согласиться с Энгельсом, что развитие природы, общества и мышления подчиняется законам диалектики?

Теоретически, можно. Думаю, что если принять, например, что не все качественные или количественные изменения впоследствии принимаются, то можно утверждать, что количество переходит в  качество и обратно.

Если ставить более жёсткие рамки или условия по качеству или количеству, то в этом случае утверждение окажется ложным.