Любой инструмент будет совершенно бесполезным, если в команде хаос, не выстроены и не регламентированы процессы, члены команды не имеют должной мотивации, не имеют необходимых знаний/умений. Начните с этого. Если считаете, что у вас с этим всё нормально, то выбирайте инструмент в зависимости от специфики своей деятельности и масштабов компании.
Мы использовали и используем разные инструменты: Яндекс Трекер, Jira, Basecamp, Trello, Float, Notion, Битрикс24 и прочие.
У каждого — есть свои плюсы и минусы. Есть проекты для которых, к примеру, достаточно трелло. Иногда есть резон использовать несколько инструментов на одном проекте.
В нынешней ситуации — рекомендую рассмотреть отечественные системы/сервисы для управления проектами.