Можно ли говорить, что слово «небеса» произошло от сочетания «не» и «бесы»?

Конечно, нет. Это так называемая народная этимология.

На самом же деле словоформа "небеса" сохраняет древнюю трех-морфемную структуру. Это означает, что в древности большинство существительных состояли как минимум из трех элементов (морфем). В данном случае неб - корневая морфема, -ес - основообразующий суффикс, -а - окончание множественного числа. Сегодня назначение основообразующего суффикса остается не вполне понятным. Скорее всего его функция состояла в делении слов по какому-то семантическому признаку. Поэтому многие слова, функционировавшие в древности, делят на слова с основой на -ес, с основой на -ер, с основой на -а, на -и и т.д. В ходе развития языка в большинстве слов основообразующий суффикс исчезал, сливаясь с корнем или окончанием. Правда, в некоторых словоформах старые основообразующие суффиксы сохраняются до сих пор: матери, дочери (слова с основой на -ер); небеса, телеса (слова с основой на -ес); волчата, котята, (слова с основой на -ат/ят).

Что же касается происхождения слова "небо" и всех его словоформ (включая "небеса"), оно скорее всего восходит к протоиндоевропейскому корню. Созвучные и семантически сходные слова можно обнаружить в других древних языках, например в древнеиндийском nabhas (облака, туман) или в латинском nebula (облако, мгла).