Можно ли говорить, что слово «небеса» произошло от сочетания «не» и «бесы»?

Возможно ваш преподаватель просто неудачно пошутил.

Собирая воедино то, что уже написали коллеги, добавлю:

С точки зрения исторической морфологии -ес в небесах – суффикс (или приращение), в бесах часть корня уже очень давно.

Графически – в дореформенной орфографии бѣсъ всегда писался через ѣ. Ятя в небесах никогда не было и быть не могло.

Теперь этимология:

Небеса – множественное число именительного падежа слова небо.

Русское небо восходит в праславянскому *nebo, которое восходит к праиндоекропейскому корню *nebh-. Хотя мы не можем прямо выводить формы современного русского языка из старославянского, значительное влияние на формирование русского языка, каким мы его знаем сейчас, он оказал. В старославянском слово небо относилось к 5-му типу склонения с основой на согласный. В праславянском это тип склонения на *es.

Русский бес восходит к праславянскому *běsъ, а тот к праиндоевропейскому корню *bhoi- ( bhoidh-sos — «вызывающий страх, ужасный, страшный»). С той же оговоркой, в старославянском бѣсъ это 2-й тип склонения сосновой на *о. На источниках С.А. Аверина показывает влияние 3-го типа склонения с основой на *u на второй (Р. мн. бѣсовъ (Супр.), вместо бѣсъ).

Отнесённость к разным типам склонения и в родственном старославянском, и в древнерусском, и в праславянском, намекает нам на то, что эти слова не могли быть близки семантически (проще говоря, с логикой у древних было всё в порядке: мухи отдельно, котлеты отдельно; важная штука над головой, от которой зависит вся наша жизнь, не может называться просто местом, где нет злых духов).

Хотя система семантических именных классов начала разрушаться довольно рано и позднее слова стали попадать в определенный именной класс (протосклонение) по принципу морфологического сходства бесы и небеса таким сходством никогда не обладали (у них не было общих суффиксов или каких-то других признаков).

Забавный факт: к праиндоевропейскому корню *nebh- восходит древнеисландское nifl- – темнота, туман. Что нас наводит на мысль о Нифльхейме – мифологическим мире льда и тумана. Там не по собственной воле обитают Йотуны, великаны противники асов (асы – относительно "хорошие парни" скандинавской мифологии, потому что как будто бы за людей). Раз уж Йотуны против человечества, их можно называть всякими нехорошими словами, так и до "бесов" рукой подать. Также в Нифльхейме "проживает" по назначению Одина и богиня Хель – дочь (не сестра) Локи и Ангрбоды. Таким образом, даже с точки зрения мифологии, утверждение выглядит спорно.

Шутки шутками, но на примере корня nifl- можно сопоставить Нифльхейм и небеса, чтобы увидеть насколько далеко могут разойтись понятия, "выросшие" из общего корня.

Настоящая этимология гораздо удивительнее, чем любые выдумки о ней!