Полагаю, что в первую очередь, необходимо менять не саму программу обучения русскому языку, а оснащенность каждого класса современными техническими средствами и их централизованное насыщение информационно-справочными цифровыми вспомогательными материалами (видео, фото, аудио и т.п.) в рамках соответствующего образовательного стандарта. Ну и, разумеется, достойная материальная мотивация учителя. Я так думаю.
Тоже считаю, что необходимо знакомить детей с базовыми основами исторической грамматики.
Будто бы только письменный русский является "сборником правил с исключениями".
В любом языке есть орфография и орфоэпия. И ни в одном они по-хорошему не дружат.
Исправлять данную "закавыку" - не удел составителей школьных программ.