Если все вокруг состоит из атомов, то можно ли перестраивать их так, как угодно? Например, атомы камня перестроить так, чтобы он превратился в бургер?

Гипотетически с развитием технологий это возможно,нет никаких преград в виде законов физики. Хоть тут и написали что из камня бургера не будет,так как они состоят из разных атомов - но я думаю что по мере развития технологий можно будет создавать самые разные атомы манипулируя элементарными частицами - протонами,нейтронами и электронами. Именно из них состоят абсолютно все атомы,в том числе и атом наших тел. Есть и меньшие субатомные частицы,но в этом вопросе они роли не играют. Само собой,такая технология невозможна в ближайшие пара сотен лет,я вообще не думаю что она появится даже к 3000-у году,разве что на нас свалится технологическая сингулярность. На нашем этапе технологий попытаться создать такое устройство,все равно что пытаться собрать и запустить МКС имея при себе каменные инструменты и огниво из кремния. Нам для этого понадобилось более трех тысяч лет.