Здесь всё просто. Дело в том, что в основу письменности может быть положен либо исторический, либо фонетический принцип. Большинство языков придерживается исторического принципа, по которому сохраняется традиционное написание слов, даже если их произношение изменилось. И чем более традиционное общество, тем больше расхождения между написанием слов и их произнесением. Это хорошо видно на примере английской письменной традиции. Есть даже шутка по этому поводу, что по-английски пишется -Манчестер-, а читается -Ливерпуль-. Кроме того, далеко не всегда и не всеми носителями языка слова произносятся одинаково. Например, во французском языке не всегда произносятся носовые гласные вместо сочетаний с -м- или -н-, а также далеко не всегда полностью редуцируются конечные фонемы. Даже конечное -е- иногда может произноситься.
Хотя бывают языки, где в основу положен фонетический принцип. Например, в белорусском языке слово -молоко- пишется -малако-, как и произносится. Но, как правило, такое состояние письменной традиции долго не длится, так как язык очень быстро меняется, + в нём существуют варианты и диалекты, в которых одно и то же слово может произноситься по-разному. А значит, в какой-то момент написание и произнесение слова разойдётся даже при фонетическом подходе, что вызовет либо реформу письменности языка, либо переход его письменной традиции на исторический принцип.
Кроме всего прочего, люди при письме, как правило, пользуются литературными языками, которые всегда немного искусственные и унифицированные, созданные для наддиалектного и безвариантного общения. То есть, фактически, литературные языки - это языки общения, которые только похожи на речь их носителей, но никогда к ней не приближаются по определению, поскольку у них другая функция. Именно поэтому их и нельзя упрощать либо адаптировать к речи какой-то группы носителей данного языка.