В обычном текстовом файле текст хранится так, как вы его набрали на клавиатуре. Там больше ничего нет. Проблема в том, что для компьютера это просто набор чисел. Компьютер не понимает тот смысл, который вложили в текст вы. Если у вас на компьютере нет нужной кодировки символов, то вы даже текстовый файл прочитать не сможете. Хотя после принятия UNICODE в качестве общего стандарта эта проблема, вроде бы, разрешилась.
Во всех остальных случаях информация в файлах хранится не так, как удобно вам, а так, как удобно компьютеру. Даже в обычном документе Word кроме самого текста есть ещё разбивка текста на главы и абзацы, таблицы стилей, разметка страницы, изображения, формулы и много чего ещё. Даже скрипты (маленькие программы) можно добавить. Сам текст занимает лишь ничтожную часть всего файла. В базах данных и вовсе информация может быть разделена на десятки файлов и даже храниться на десятках разных компьютеров. Всё для того, чтобы по запросу компьютер мог быстро собрать нужную вам информацию и представить её в красиво оформленном виде.