Текстовый файл хранит данные именно в том виде, как они записаны пользователем или автоматической программой. С другой стороны, система управления базами данных предназначена для того, чтобы осуществлять выборку и запись данных в разных видах, в зависимости от того, что в данный момент нужно пользователю. И файлы базы данных, соответственно, организованы так, чтобы системе управления базами данных было проще справляться с этой работой (а точнее - для увеличения скорости этой работы).
Хотя в принципе, как тут уже было верно замечено, можно построить базу данных и в виде обычных текстовых файлов. Просто все операции, кроме чтения данных в исходном виде и добавления данных в конец, в таком случае будут реализовываться неэффективно.
В больших компьютерах IBM zSeries, предназначенных для массовой обработки данных, вся информация изначально хранится в наборах данных сложной структуры, занимающих промежуточное положение между привычными нам последовательными файлами и базами данных.