Разница в том, что в БД информация намного более структурирована, чем в обычном файле. Кроме того, там может содержаться дополнительная информация (например, индексы). Все это значительно облегчает поиск, сортировку, реструктуризацию информации и другие способы её обработки и связывания с другой информацией.
Кстати файлы .sql не содержат, как правило, саму БД. Под этим расширением обычно сохраняются программы обработки информации из БД. SQL - это язык структурированных запросов, при помощи которого можно удобно работать с информацией, содержащейся в БД. Сама БД обычно находится в отдельном файле.