По какой причине материя обрела способность к самоорганизации, как утверждают атеисты?

Первое, по сути: термодинамика и фундаментальные свойства нашей Вселенной. Кроме того, если бы этого свойства у материи не было, то не было бы и нас. Во Вселенных, если предположить их множественность, миры с лишённого этого свойства материей будут также лишены что деистов, что атеистов. Возможно, их полным-полно, но там никого нет.

Формирование составных систем вроде атомов и молекул обусловлено тем, что у нас во Вселенной сохраняется энергия + тем, что эта энергия куда с большей вероятностью рассеивается в пространстве, нежели собирается самопроизвольно в кучку.

Появление атомов, молекул и даже живых клеток связано с тем, что комбинация "связанные вместе частицы и куча рассеянной энергии" оказывается более вероятной, чем комбинация "частицы сами по себе". Газ из атомов водорода менее энергетически выгоден и менее вероятен, чем газ из молекул водорода, в каждой из которых по два атома.

Второе, по философии: наука в принципе не рассматриваем гипотезы, которые никак нельзя проверить или в пользу которых не свидетельствует хорошая теория. Поэтому вопрос "а почему у нас появилось 4-мерное пространство-время именно с такой геометрией, а не какое-то иное?" не имеет смысла для науки. Мы можем, конечно, предположить наличие какой-то сверхсилы, но никак проверить эту гипотезу нельзя никак — поэтому проще считать, что мир просто такой, какой он есть. И сосредоточится на вопросах вида "в каком именно мире мы живём, каковы его свойства".