По какой причине материя обрела способность к самоорганизации, как утверждают атеисты?

В вашем вопросе кроется логическая ошибка или, по Гадамеру, научное пред-рассуждение (научный предрассудок).

Если материя приобрела (именно приобрела - то откуда, из какого "вне", - предрассудок причинно-следственного подхода) способность к самоорганизации, то причина вне материи.

А если причина вне материи, то нам остаётся одно, -  сознание (тот же предрассудок в форме дуализма, но в области философии).

А в сознании, по нашему опыту собственной рефлексии, другой формы сознания мы не знаем и даже представить не можем, мысли могут быть и безпричинными.

И, следовательно, вопрос снимается в простую банальность. По произволу.

Что обнаруживается и в религиозной концепции - Бог создал мир из ничего, и в научной - бессмысленно искать причину Большого взрыва, т.к. надо тогда указать и на причину этой причины и т.д. Т.е. Большой взрыв из того же ниоткуда. Т.к. какие-то там квантовые флуктуации должны быть в чём-то, тогда это что-то занимает место нашего мира и так до бесконечности,

То же непонятное "ничто" только в профиль.

И что же мы получили?

Безосновательность логического подхода, которую заметил ещё Аристотель. Всякая теория должна основываться на недоказуемых (так взятых из ниоткуда - и всё) понятиях и аксиомах.

Т.е. пытаясь понять происхождения мира, мы только в иных словах описали свой опыт верификации явлений и причин (обыденных, в которых живём).  Закинул удочку - поймал рыбу а не наоборот.

И всё