Справедливо ли ставить плохую отметку за то, что мнение ученика не совпадает с мнением учителя и стандартами ФГОС?

Пока, что "2", что "5" в вопросе и в его описании выглядят субъективно. ФГОС не содержит "мнение", как то, что вообще можно оценивать.
Мнение - это начало разговора. Расхожая фраза - сколько людей, столько мнений. Мнения не подлежат стандартизации. Это может быть всем, чем угодно, от просто выхваченной из потока ассоциации до мнения эксперта, которое интуитивно может обозначать знание, но для остальных людей требующее аргументации.
Ставить ребенку "пять" за наличие мнения так же непедагогично, как и сразу ставить "два" за высказанное свое, пусть и не вовремя.
Учитель должен организовать занятие таким образом, чтобы ребенок разграничивал время для рассуждения и для выполнения задания в четко заданных условиях. В жизни у нас есть место дискуссий, но есть место для безусловного подчинения (самый яркий пример - эвакуация при пожаре, попроще - правила при карантине, ещё легче - субординация в коллективе при выполнении задания, обговоренного ранее).
В ходе рассуждения учитель должен дать возможность (способ) различать мнения, позицию и знания, чтобы и сам ученик, и другие ребята могли осознавать, что является гипотезой, требующей подтверждения, а что является знанием и само может подтверждать.
Отметка "2", "5" - это показатель уровня, а значит нужны критерии оценивания - только это снимет любого свойства субъективизм и только на это смогут опираться как ученики, так и учителя при аргументации, почему такая отметка поставлена.