Обучаться оптимальной для вас технике бега, укреплять мышцы-стабилизаторы суставов. Это позволит суставам работать в более корректной биомеханике , меньше травмироваться и перегружаться. В остальном соглашусь с предыдущим мнением: мягкий грунт, достаточная амортизация беговой обуви, адекватный уровень нагрузки (частота тренировок, интенсивность и продолжительность).