Это всего лишь языковая традиция. Ранее по-древнеславянски имя Иисуса писалось как "Iсус", а в результате реформ патриарха Никона написание было изменено на "Iисус" как более соответствующее древнегреческому "Ἰησοῦς". Старообрядцы как известно этих реформ не приняли и до сих предпочитают пользоваться более старой версией с одной буквой "и". Изначально же, на древнееврейском, имя Иисуса звучало примерно как "Йешуа" или "Йехошуа". В принципе, большой разницы в том, как писать имя Господа, нет. Необходимо просто иметь какой-то вариант в качестве общепринятого.