Нужно разделять присутствие Бога как Наблюдателя, и как Активное Действующее Лицо. Бог Вездесущ и Всеведущ, то есть видит Он всё. Но не везде Он действует одинаково. В некоторых местах Бог действует неявно.
Зло - это не физическое отсутствие Бога, а отсутствие Божиего благоволения, разрешения в том или ином деянии, отсутствие добра. В злых действиях Бог не соучаствует и не проявляется.
А если его где-то нет, то значит он не всемогущий.
Бог не везде активно действует не потому, что Его силы ограничены. Просто Он не хочет где то действовать. Так, Он не хочет нарушать свободную волю человека, и по этому не хочет действовать в злых сердцах тех людей, которые не желают исправиться, и не позволяют Богу войти к ним и вечерять с ними.