Как сказано выше, такое произношение лишь дань традиции, иногда трендам.
Если копнуть вглубь, то оказывается в старой России, по церковнославянской традиции, заменили древнегреческие дифтонги "тета" буквой и звуком"ф", "бета" стала "в", "эта" - "и". Все привыкли и до сих пор пишут и говорят "Вифлеем" вместо "Бетлеем" (как это должно звучать в греческой транскрипции). Однако, старорусское произношение "вифлиофика" теперь звучит как и должно - "библиотека". Какого-то четкого правила не прослеживается, ориентируемся на тренды.
Эти изменения не просто так произошли, а потому что в новогреческом произошли аналогичные фонетические изменения.
Яков всё-таки, скорее всего Jacob, но уж никак не James