У традиции есть веские фонетические основания. Русское "ха" жёсткое, сравнимое с греческим "хи", немецким или шотландским "ch". Английское "h", как и немецкое, происходят от латинского аналога, а тот, в свою очередь от греческой "эты" (H), произносящейся с придыханием, которое у нас обычно заменяли йотированием или опускали. Поэтому у нас Елена начинается с "йэ", а в латыни с "he". Гомер, кстати, ещё при Пушкине иногда назывался Омиром, а, скажем, Гермес - Эрмием или Ермием.
Позже возникла другая традиция - передавать звук "h" украинским фрикативным "г". В последнее время преобладает передача звука буквой "ха", потому что в современном литературном языке буква "г" обозначает совершенно другой звук.
Яков всё-таки, скорее всего Jacob, но уж никак не James
Эти изменения не просто так произошли, а потому что в новогреческом произошли аналогичные фонетические изменения.