Нет. Вы либо проводите операции через свой банковский эквайринг, либо через Яндекс Кассу. Если у вас оборот маленький, то проще будет использовать посредника, как эти https://mainmine.ru/platezhnye-agregatory. Если большой оборот, то к банку напрямую https://mainmine.ru/internet-ekvajring
Если речь о покупке товара, то да, все верно, сумма стоймости услуг эквайринга и яндекс кассы будут суммироваться и комиссия в сумме будет 6%.