При приёме платежей через Яндекс.Кассу — вы платите только комиссию с каждого платежа, других дополнительных плат: абонентскую, подключение — нет. Платить за эквайринг в другом банке тоже не надо — так как Яндек.Касса и будет эквайрингом. Она будет проводить все платежи между вашим магазином и покупателем, а деньги с каждого платежа ежедневно отправлять на ваш счет в банке. Единственное, в банке обычно берут комиссию за обслуживание счета — тут всё зависит от банка, везде свои условия. Итого: вы платите комиссию с каждого платежа в Кассу + комиссию за обслуживание счета в банке.
Комиссия Кассы зависит от способа оплаты и от вида деятельности (товары, услуги, игры, благотворительность). Например, Яндекс.Касса берёт комиссию от 2,8% за платежи банковскими картами, если же ваш оборот по онлайн-платежам стабильно выше 5 млн в месяц — о комиссии с Кассой можно договориться :) Кроме платежей банковскими картами Касса предлагает мультиэкваринг — более 20 способов оплаты, в том числе Apple Pay/Google Pay, электронные кошельки, Сбербанк-онлайн, кредитование — у каждого способа своя комиссия. При подключении можно выбрать для себя подходящие способы приёма платежей.
Для подключения к Яндекс.Кассе просто отправьте заявку.
Если речь о покупке товара, то да, все верно, сумма стоймости услуг эквайринга и яндекс кассы будут суммироваться и комиссия в сумме будет 6%.