Из какой информации известно какую именно вы получаете услугу. Согласно тарифу на странице https://kassa.yandex.ru/fees/ - Комиссия от 2,8% за платежи с банковских карт. Не путать Яндекс кошелек с Яндекс Кассой для приёма платежей в интернете и офлайне, с быстрым подключением и API.
Если речь о покупке товара, то да, все верно, сумма стоймости услуг эквайринга и яндекс кассы будут суммироваться и комиссия в сумме будет 6%.