Размер комиссии зависит от среднего ежемесячного оборота и вида вашей деятельности. Она складывается следующим образом: часть забирает платежная система (Visa, MasterCard, МИР и т.д.), часть банк-эквайер (тот, кому принадлежит терминал, где совершается оплата), часть – банк-эмитент (тот, кто выпустил карту, с которой происходит списание) и часть платежный агрегатор. Если, например, у Яндекс Кассы размер комиссии указывается в 3,5%, то туда уже включены все вышеперечисленные пункты.
Если вы работайте с двумя агентами (например, банк и агрегатор), то комиссия проходит только один раз. Это зависит от того, через чьи каналы прошла покупка.
Если речь о покупке товара, то да, все верно, сумма стоймости услуг эквайринга и яндекс кассы будут суммироваться и комиссия в сумме будет 6%.