Сильно зависит от того, что именно отказало. SSJ оборудован ЭДСУ (электродистационной системой управления), которая теоретически может отказать, но она а) продублирована и б) зашли на посадку они нормально (то есть, она работала), а посадить нормально не могли (по причине отказа или из-за стресса). Судя по тому, что они срочно вернулись в аэропорт вылета - после взлёта на борту были проблемы до посадки, и они маловероятно связаны с ударом молнии.
Отвечая на вопросы в комментариях - полёты в грозу запрещены, правила предписывают держаться от очагов грозовой деятельности на удалении 10-20 км и связаны эти ограничения не с опасностью удара молнии (которая не наносит большого вреда самолёту), а с мощными воздушными потоками в грозовом облаке и около него и вероятностью попать в град, который внутри грозового облака может быть размером с картошку.
Любой пилот в состоянии посадить самолёт вручную, как исправный, так и при некоторых отказах оборудования и управления. Некоторые сценарии отказов регулярно отрабатываются на тренажёрах.