Самым большим преимуществом электронного документооборота можно назвать - отсутствие бумажных документов. Также к плюсам можно отнести необходимость ездить в контролирующие органы. Документы отправляются за несколько минут, что значительно позволяет оптимизировать работу предприятия.
Есть различные статьи по поводу работы с ЭДО и как перейти на него. Вот одна из таких статей.