Труд Дарвина называется «Происхождение видов», и его теория посвящена именно этому вопросу. Дарвин убедительно показал, как путём инкрементального накопления небольших изменений из изолированных групп одного вида постепенно образуются новые виды. Впоследствии это наблюдение было дополнено открытиями в области генетики; стало ясно, как работает механизм естественного отбора.
В области микроэволюции недочётов у теории нет, однако возникают определённые трудности при попытке расширить теорию и на макроэволюцию (чего сам Дарвин не делал). Дело в том, что естественный отбор работает только в том случае, если каждая мутация ведёт к повышению конкурентных преимуществ организма. Легко понять, каким образом мутации закрепляются в случае изменений размера, цвета, формы частей тела животных: это происходит постепенно и последовательно. Однако в том, как таким образом могут сформироваться новые роды и классы, где изменения более фундаментальны, остаётся много неясного.
К примеру, каким образом птицы эволюционировали из динозавров? Конкурентные преимущества у птиц возникают только после существенных изменений: формирования крупных крыльев из передних конечностей и полноценного перьевого покрова. Возникновение столь существенных мутаций за раз маловероятно, а небольшие мутации (такие как появление маленьких крыльев) скорее ухудшат шансы животного на выживание.
Другая неясность связана с эволюционным движением к усложнению. Каждый знает, как выглядит дерево эволюции: от простейших одноклеточных существ через животных к венцу творения — человеку. Однако естественный отбор предполагает, что преимущество получают не более сложные, а более конкурентные особи. Но ведь и сегодня наиболее конкурентными, самыми многочисленными, наименее хрупкими видами являются простейшие. Каждое усложнение организма неизбежно приводит к большей уязвимости вида, не давая никаких преимуществ с эволюционной точки зрения. Какие же силы тогда привели к формированию всего многообразия жизни?
Ещё туманнее наше понимание зарождения жизни. Существующие теории предполагают особое стечение обстоятельств, которое должно было привести к случайному образованию сложных молекул, способных к самостоятельному копированию. Однако вероятность этого события настолько мала, что всерьёз её принимать невозможно.
***
Интересно, что важность этих и других проблем демонстративно не замечается в научно-популярных кругах. Большинство популярных книг на тему эволюции строится не по научному принципу «давайте рассмотрим разные теории», а скорее по принципу догматическому: «давайте докажем, что жизнь зародилась сама, а затем развивалась при помощи естественного отбора». Это явление естественно, его подробно описал Томас Кун.
Именно религиозный, мировоззренческий характер отношения к теории эволюции делает возможным столкновения её сторонников с верующими людьми. Этот конфликт носит характер религиозной войны, когда каждая из сторон априори убеждена в истинности своих догматов. Поэтому спор сводится к высказыванию этих догматов: «Жизнь зародилась сама!» — «Нет, её создал Бог» — «Нет, вы дураки, она могла только сама зародиться, никакого бога нет» — и так далее.
Настоящая наука нерелигиозна и поэтому с религией никаким образом сталкиваться не может, ибо существует в иной плоскости.
Птицы не эволюционировали от динозавров - от этой идеи недавно отказались.
А по-моему эту теорию вполне можно понять при минимальных умственных усилиях.:)
Но теория эволюции не доказывает возможность самозарождения жизни.
"Недочёты" только в форме критики со стороны ряда представителей религий и критики самих дарвиновские идеи второй половины XIX века без учёта новых научных и т.п. исследований.