У них разные принципы работы. В агентстве сотрудники работают над кучей проектов, у них больше опыта и насмотренности в разных сферах. Зато внутренний отдел маркетинга -- это максимальный уровень погружения и личная заинтересованность в результате.
Что лучше судить не берусь.
Знаю, что из агентств в инхаус специалисты уходят, а вот наоборот бывает крайне редко.